Годовая отчетность по НДФЛ за 2015 год

Здравствуйте. Помогите, пожалуйста, разобраться в сложившейся ситуации при сдаче годового отчета по НДФЛ.Общая сумма дохода равна 841 606,83 руб, сумма вычетов 42000 руб. Получается при расчете вручную НДФЛ равен 103 949 рублей. Программа ЗУП 2.5 считает НДФЛ 103947 рублей. При проверке программа Контур у троих сотрудников сумму исчисленного налога увеличивает на один рубль, т.е сумма НДФЛ равна уже 103950 рублей. За 2015 год в налоговую было уплачено 103 947 руб. Подскажите пожалуйста, как быть в такой ситуации. Ведь получается если я в Контуре поправлю сумму у этих сотрудников, то по факту получится что организация не доплатила 3 рубля НДФЛ за 2015г. в налоговую. Заранее благодарна за любую помощь.